حوزه کرک (820ه تا 950ه) اولین حوزه در منطقه بقاع بود که توانست بسیاری را از نقاط مختلف مانند حله به خود جذب نماید. معروف ترین شخصیت علمی کرک محقق کرکی است که مدافع نظریه ولایت فقیه بود. برخی علمای آن به ایران مهاجرت و در حکومت صفویه صاحب منصب شدند.

این حوزه دارای ابعاد مختلفی بود که یکی از انها مساله توسعه ی جغرافیایی حوزه در لبنان به سمت بقاع بود. این حوزه نیز توانست خیل کثیری از طلاب و علما را به خود جذب نماید که شهید ثانی از آن دسته است. شیخ حر عاملی در جلد اول از کتاب أمل الآمل بیش از 30 فقیه کرکی را برمی شمرد.

سابقه علمی کرک به زمان شیح احمد بن طارق کرکی (520ه تا 592ه) باز می گردد. معروف ترین شخصیت علمی کرک شیخ علی بن عبدالعالی الکرکی (870-940ه) معروف به محقق کرکی است که مدافع نظریه ولایت فقیه بود. برخی علمای آن به ایران مهاجرت و در حکومت صفویه صاحب منصب شدند. قرن ده و یازده هجری دوران شکوفایی علمی این منطقه است به گونه ای که تعداد قابل توجهی از طلاب و علما از لبنان و خارج از لبنان مانند شیخ علی بن هلال الجزائری و شیخ ابن فهد حلی و شهید ثانی به این حوزه آمدند. آمدن ابن فهد حلی اثر علمی بارزی در این حوزه برجای گذاشت.

حوزه جزین (760ه – حدود900ه) توسط شهید اول پایه گذاری شد. اولین حوزه بارز در لبنان بوده است که موفق به جذب طلاب از نقاط مختلف شد و نهاد مرجعیت را در میان شیعیان ایجاد کرد. زنان نیز در این حوزه فعالیت داشته اند.

منطقه جزین از مناطقی بود که زیر بار حکومت صلیبی نرفت و اولین طلبه لبنانی(شیخ اسماعیل بن الحسین العودی البحرینی) از این منطقه به حله برای تحصیل علوم دینی هجرت کرد. پس از ایشان دیگر علما نیز به این کار اقدام نمودند. اما آغاز جدی حرکت جزین در زمان بازگشت محمد بن مکی عاملی در سال 760 بود و نظام درسی منظم به دست شهید اول در آن پایه گذاشته شد.
برخی معتقدند که دلیل تاسیس حوزه در جزین انزوای این منطقه از دیگر مناطق و راه نا امن عراق بود که اینها قابل قبول نیستند چرا که حقیقت چیز دیگری است.

مهمترین مشخصات حوزه جزین:
تاسیس اولین حوزه و بروز و ظهور اولین دسته از عالمان شیعی در لبنان.
این حوزه موفق به جذب طلاب از لبنان و حتی خارج آن مانند عراق (حله) و ایران نیز شد.
ایجاد نهاد مرجعیت شیعه به شکل یک اصل مورد قبول در میان شیعیان
حضور موفق زنان فقیه و استاد در حوزه علوم دینی که بی سابقه بوده است.
از نو برخاستن این حوزه پس از به شهادت رساندن مرجع تقلید شیعیان و عالم آن و استمرار حرکت علمی
علیرغم این اوصاف بارز اما حوزه جزین پس از این مرحله دیگر این میزان فعالیت را به خود ندید. و آثاری که شهید اول از خود بجا گذاشت تا حد بسیاری نابود گشت.

حوزه مشغره (نیمه دوم قرن 11ه) امتداد حوزه کرک و جبع می باشد. عمرش بیش از چند دهه نبود و بر اثر مهاجرت علمای آن رو به افول گذاشت. اخباری گری بر این حوزه برخلاف دیگر حوزه های لبنان غالب بوده است.

این حوزه به لحاظ علمی امتداد حوزه کرک و جبع به حساب می آید. سیدمحسن امین این حوزه و جبع و جزین را منبع علمای جبل عامل می داند. عمر این حوزه از چند دهه فراتر نرفت و بر اثر مهاجرت علمای آن رو به افول گذاشت. متوقف شدن فعالیت این حوزه را می توان شاخصی برای پایان مرحله اول حوزه های لبنان دانست. از نکات مهم در مورد این حوزه این است که اخباری گری بر این حوزه برخلاف دیگر حوزه های لبنان که اصولی محسوب می شوند، غالب بوده است. بعدها در سال 1920 م با بهائی شدن یکی از افراد و فرزندان او این فرقه ضاله در این منطقه حضور داشت و این منطقه تنها منطقه ی دارای بهائیت در لبنان بوده است.

حوزه جُبَع (نیمه قرن8- 1115ه) دارای طولانی ترین مدت فعالیت(چندین قرن) در میان حوزه های لبنان است و شهید ثانی و شیخ بهائی در این حوزه درس خوانده اند. این حوزه دارای سه دوره فعالیت بوده است که در هر دوره علمای بارزی داشته است.

اگر چه این حوزه با تاخیر نسبت به دیگر حوزه ها بروز و ظهور پیدا کرد اما در عین حال دارای طولانی ترین مدت فعالیت(چندین قرن) در میان حوزه های لبنان است که هنوز هم آثار آن امتداد دارد. گرچه در این میان دچار رکود هم شد. علمای به نام و بسیار موثری مانند شهید ثانی و شیخ بهائی در این حوزه درس خوانده اند. از نکات مثبت در این حوزه استمرار ظهور علما در میان خانواده علما در هر نسل هست مثلا برای شهید ثانی 12 عالم و فقیه در میان نوه ها و ذریه اش شمرده اند که به سلسلة الذهب معروفند. و خود شهید ثانی هم نوه ی ششم یکی از علمای آنجا است. سیدمحسن امین نام 31 عالم اهل جبع را ذکر می کند. این حوزه دارای سه دوره فعالیت بوده است که در هر دوره علمای بارزی داشته است.
این حوزه دارای سه دوره فعالیت بوده است:
1) دوره اول: توسط شیخ صالح بن مشرف الجبعی آغاز شد و عالمانی مانند کفعمی و محمد بن علی ابن الحسین که از شاگردان برجسته ابن فهد بود را تربیت نمود.
دوره شیخ زین الدین بن علی معروف به شهید ثانی که بعد از مهاجرت های علمی و شاگردی علمای مذاهب گوناگون به آنجا بازگشت و مسجد و منزلی تاسیس کرد که بعدها تعداد بسیاری از علما را در آن تربیت نمود. بعد از شهادت شهید ثانی به دلیل اختلافات بین عثمانی ها و صفوی ها، شرایط برای فعالیت علمای شیعه سخت تر از گذشته شد و تا حد زیادی از این فعالیت ها کاسته شد.
پس از مدتی رکود، فرزند شهید ثانی شیخ حسن و نوه ی ایشان سید محمد بن علی جبعی ابتدا به نجف رفته و پس از تحصیل علوم به لبنان بازگشتند و تا سال 1011ه رونق را به این حوزه برگرداندند. با وفات شیخ حسن که پس از وفات سیدمحمد بود این حوزه افول کرد.

حوزه شحور (1063-1211ه) مدت فعالیت کوتاهی داشت و بر اثر هجوم جزار و شهادت شهید ثانی و ناامنی ها متوقف گشت. پس از این اتفاق فضای علمی لبنان وابسته به نجف شد. کتابخانه غنی و مهم آن به غارت رفت و از کتابهای خطی آن بعنوان هیزم استفاده شد!

یکی از سه حوزه پایانی دوره اول است. مدت فعالیت این حوزه به دو مرحله تقسیم می شود یعنی مدتی فعال بوده سپس فعالیت آن متوقف گشته و دوباره بعد از مدتی در دوره دوم از مراحل تاریخ حوزه های لبنان فعالیت را از سر گرفته است. مدت فعالیت آن کوتاه بوده است. دو خانواده عالم پرور در این منطقه بوده اند: یکی آل الزین و دیگری آل شرف الدین که یکی به دلیل قتل و دیگری به سبب مهاجرت اجباری از دست مردم گرفته شدند. عمر این حوزه بر اثر هجوم جزار و به قتل رساندن شیخ زین الدین و سوزاندن بدن مطهر ایشان توسط احمد پاشا الجزار حاکم عثمانی و ناامنی های پس از آن، به پایان رسید. کتابخانه غنی و مهم آن در جریان هجوم دشمنان به غارت رفت و از کتابهای خطی آن بعنوان هیزم استفاده شد! پس از این اتفاق فضای علمی لبنان وابسته به نجف شد.

حوزه میس الجبل(855-938ه) که موفق به جذب بسیاری از علمای لبنانی گشت اما به دلیل کوتاهی مدت فعالیت توفیقی در جذب علما از نقاط دیگر پیدا نکرد. برخی تعداد طلاب آن را 400 نفر ذکر نموده اند و در زمان حیات محقق میسی تعطیل شد.

سومین نقطه در جبل عامل که دارای حوزه شد جبل عامل بود که موفق به جذب بسیاری از فقها و علمای لبنانی در آن زمان گشت به طوری که برخی تعداد طلاب آن را 400 نفر ذکر نموده اند. در زمان محقق میسی این حوزه در اوج بود. با توجه به قرائن می توان گفت بعد از عیناثا این حوزه میراث دار آن شده است نه حوزه کرک.
نکته عجیب در مورد این حوزه این است که این حوزه در زمان حیات محقق میسی تعطیل شد و ایشان به روستای صدّیق منتقل شدند و دلیل قانع کننده ای از تاریخ به دست نمی آید لکن احتمال دارد که به سبب ضعف جسمی یا رسیدن حکومت عثمانی به این منطقه یا از دست دادن توان مالی برای اداره حوزه ای با این تعداد طلبه، باشد.
ویژگی های حوزه میس الجبل
این حوزه در اتکای کامل به موسس شکل گرفت. این ویژگی در برخی حوزه های دیگر نیز دیده می شود.
محقق میسی ظاهرا موید نظریه ولایت فقیه نبود و وکلایی هم نداشت.
پسر محقق میسی به ایران برای کمک به دولت صفویه در اداره حکومت هجرت نمود.
این حوزه به دلیل کوتاهی مدت فعالیت توفیقی در جذب علما از نقاط دیگر پیدا نکرد.
ظلمی که به شهید اول شد گویا بر این حوزه تاثیر گذاشت و باعث شد که فعالیت سیاسی یا فتواهایی با بوی سیاست از این حوزه بیرون نیاید.

حوزه عیناثا (800ه تا 1050ه)توسط آل خاتون در اواخر قرن نهم تاسیس و علمایی مانند شیخ زین الدین جعفر العیناثی و شیخ عبدالله التستری را به سمت خود جذب نمود و زمینه ساز بروز حوزه های کرک و جبع بود.

از اولین حوزه ها پس از شهید اول در لبنان حوزه عیناثا است که توسط آل خاتون در اواخر قرن نهم تاسیس شد. از بارزترین علمای این حوزه می توان به شیخ زین الدین جعفر بن الحسام العیناثی می باشد. یک نکته مهم در مورد این حوزه مهاجرت شیخ ناصر بن ابراهیم الاحسائی البویهی به این حوزه است. شیخ شمس الدین محمد بن علی بن محمد بن خاتون در کرک نیز فعالیت علمی داشت که نقش مهمی در حوزه های لبنان ایفا نمود. از نکات قابل توجه مهاجرت یکی از علمای ایران به نام شیخ عبدالله التستری به عیناثا است.
ویژگی های حوزه عیناثا
این حوزه در پرتو حوزه پر قدرت جزین تاسیس شد.
در جذب علمای دیگر از خارج به لبنان موفق بود.
برخی از علمای این منطقه همراه با خانواده شان به ایران و سپس هند مهاجرت نموده اند.
زمینه ساز بروز حوزه های کرک و جبع و ستاره های علمی آن مانند شیخ علی بن عبدالعالی کرکی و شیخ زین الدین بن علی الجباعی بود.
رسیدن به خودکفایی در تدریس و پژوهش به صورتی که نه تنها نیازمند اجازه از فقهای دیگر مناطق نبود بلکه خود منبعی برای صدور اجازه به فقها بود.
با این همه هیچ یک از فقهای آن به سطح شهید اول به لحاظ مرجعیت و مقبولیت علمی در حله نرسیدند.
نظریه ولایت فقیه زمینه پیشرفت در میان حوزه و علمای آن نداشت و در جایی ثبت نشده است که علمای این منطقه دارای وکلا در روستاهای دیگر بوده اند.
در مدت بقائش دارای ثبات و امنیت بود و دچار فعالیتهای نظامی و قتل بزرگان و ... نشد.

حوزه جویّا (1019-1220ه) منسوب به آل خاتون بوده و دلایل تعطیلی شقرا و شحور موجب تعطیلی این حوزه نیز گشت. کتابخانه غنی آن که دارای هزاران کتاب خطی بود در حمله جزار از بین رفت.
منسوب به آل خاتون بوده و دلایل تعطیلی آن همان دلایلی بود که به تعطیلی حوزه های شقرا و شحور انجامید و همزمان با آنها نیز تعطیل شد. گفته می شود که این حوزه عمر طولانی داشته است ولی علیرغم این ادعا، آثار علمی و فارغ التحصیلان مبرزی را به جامعه ارائه نداده است و این مایه شک در عمر طولانی این حوزه است چرا که حوزه هایی با مدت فعالیت کمتر بعضا آثار بیشتر و واضح تری را از خود برجای گذاشته اند. کتابخانه غنی آن که دارای هزاران کتاب خطی بود در حمله جزار از بین رفت. فتنه احمد پاشا الجزار باعث شد حضور عالمان در جبل عامل از میان برود و جویّا نیز در این میان به عنوان جزئی از جبل عامل دچار همین مشکل گشت و آثار علمی و عالمان خود را در گوشه زندان های جزار در عکا و نقاط دیگر یا به صورت کشته شدن علما از دست داد. در حقیقت فتنه جزار خط پایان این مرحله از تاریخ حوزه های لبنان است.

حوزه شقرا (1138-1194ه): توسط علمای مهاجر از حله تاسیس گشت و بسیاری را جذب کرد تا حدی که تعداد طلاب آن را 400 نفر شمرده¬اند. بر اثر فتنه جزار و فوت موسس و بازنگشتن طلاب آن از نجف تعطیل گشت.

این حوزه توسط علمای مهاجر از حله تاسیس گشت و آل الأمین به آن مهاجرت نمودند. بنا به نوشته سیدمحسن امین جد او این مدرسه را بنا نمود و در آن چهل حجره برای طلاب ساخت و چاهی را در آن حفر کرد که نیاز طلاب به آب از آن تامین میشد. بسیاری از طلاب را جذب کرد تا حدی که تعداد طلاب آن را 400 نفر شمرده¬اند. حکایت شده است که شبها صدای مباحثه طلاب آن به نقاط اطراف هم میرسیده است. یک زمین و درخت زیتون برای این مدرسه وقف شد که تا به امروز باقی است. این اولین مدرسه دارای موقوفه در جبل عامل است. بر اثر فتنه حاکمی به نام جزار و فوت موسس آن و بازنگشتن طلاب آن از نجف تعطیل گشت. بعد از فوت موسس، فرزند او سیدمحمد امین به احیای حوزه مشغول نشد. و سید علی امین فرزند سیدمحمد بعدا این حوزه را احیا نمود.